崇德元年(公元1636年),皇太极创立了主管少数民族事务的专门机构——“蒙古衙门”。崇德三年六月,改蒙古衙门为理藩院。《光绪会典事例》卷20记载,康熙曾追述当年设理藩院的用意说:“太宗文皇帝时,蒙古部落尽来归附,设立理藩院,专管外藩事务”。