余干县科学技术局为县直机关部门,下设四办(党办、行办、地震办、知识产权办)、两股(计划成果股、科技管理股)、一站(科技情报站)、二中心(科技市场开发中心、生产力促进中心)。2011年1月,经县机构编制委员会批准,地震办升格为防震减灾局。