国务院南水北调工程建设委员会办公室（正部级）是国务院南水北调工程建设委员会的办事机构，承担南水北调工程建设期的工程建设行政管理职能。2012年7月18日，国务院南水北调办公布数据，2011年三公经费支出379万余元。2018年3月，根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案，将国务院南水北调工程建设委员会办公室并入中华人民共和国水利部，将国务院南水北调工程建设委员会办公室的南水北调工程项目区环境保护职责整合，组建中华人民共和国生态环境部；不再保留国务院南水北调工程建设委员会办公室。