2004年3月济宁市委、市政府决定对植物园及其周边环境进行综合改造，总体方案由上海华东建筑设计研究院规划设计，计划总投资1亿7000万元，成为全国第一大城市公园。项目主要包括：三个大门改造、三组服务建筑改造、新建生态栈桥、生态广场，并对园区的水系、道路、广场、绿化等进行全面改造，改造后的植物园充分体现了市委、市政府全面贯彻落实科学发展观和“以人为本”的理念。