水天然污染源是指自然界自行向水域环境释放有害物质或造成有害影响的场所。诸如岩石和矿物的风化和水解、火山喷发、水流冲刷、大气降尘的降水淋洗和地面径流、生物（主要是绿色植物）在地球化学循环中释放物质等都属于天然污染物的来源。例如：在含有萤石（CaF2）、氟磷灰石（Ca5（PO4）3F）、冰晶石（Na3AlF6）等的矿区，可能引起地下水或地面水的含氟量高达10-20mg/L，这种高氟区居民长期饮用高氟水会出现地方性氟中毒；而有些低氟地区的饮水用源，则又引起居民的龋齿等问题。