自养菌(prototroph) 是指能以简单的无机碳水化合物(如二氧化碳、碳酸盐)作为碳源，以无机的氮、氨、或硝酸盐作为氮源，合成菌体所需的复杂有机物质的细菌。此类细菌所需能量可来自无机化合物的氧化，亦可通过光合作用而获得能量。