南通市总工会是全市工会工作的领导机构,接受市委和省总工会的领导。南通市总工会,成立于1949年,下辖6个县(市)级工会,3个区级工会,14个产业(系统)工会,6个集团公司工会和近100家市总直属基层工会。至2008年9月,全市组建基层工会的单位数达2.4万余家,会员总数近141.1万人。