中华人民共和国镇江海关于1987年9月1日正式成立,现内设1个正处级机构(缉私分局)、15个科(室)和1个事业单位(机关服务中心),下辖驻丹阳办事处。镇江海关隶属南京海关领导,为正处级海关,负责镇江市范围内进出境运输工具、货物和物品的监管,征收关税和其他税费,查缉走私,编制海关统计等业务。