《末日谜踪：永恒的力量》背景地点设置在末日时代来临的纽约的曼哈顿区。游戏讲述了世界末日来临之际，世界一片混乱，虔诚的基督教徒已经升入天堂，此时撒旦邪恶的力量趁机侵占人间，试图统治整个世界，留在人间的非基督教徒从圣经中领悟到末日的真相，他们重返基督信仰，并决定开始抵抗邪恶的黑暗势力。